Biokemijska informatika

Edit Answers
1234567891011121314151617181920
Across
  1. 2. rodovno ime ekspresijskega sistema, v katerem je bil izražen protein bakterije Thermus thermophilus za določitev stukture. Protein je analog PEP karboksikinaze iz E. coli
  2. 4. ekstincijski koeficient človeškega inzulina pri običajnih redoks pogojih
  3. 6. aminokisline v aktivnem mestu človeške kaspaze 9, ki sodeluje v apoptozi (enočrkovna oznaka + zaporedna številka ak)
  4. 8. to spojino moraš dodati v raztopino plazmida pBAD24, da se bo izražal vključek v multipli klonirni regiji
  5. 11. konjugirana baza v pufru, v katerem je človeška PEP karboksikinaza elektronevtralna. Na izbiro so: acetatni (pH: 3,8-5,8), boratni (pH: 8,25-10,25) in Tris/HCl pufer (pH: 7,2-9,0)
  6. 14. najpogostejša aminokislina v človeškem srčnomišičnem aktinu 1 (actc1)
  7. 15. oligomerno stanje spike proteina SARS-COV19
  8. 17. temu človeškemu proteinu je podoben protein, ki ga v genomu Thermobifida fusca YX najdemo pod oznako lokusa (locus_tag) Tfu_0960 (namig: poglej domene)
  9. 18. PubMedID (PMID) za članek, ki eksperimentalno potrdi hidroksilacijo prolina v človeškem proteinu, ki tvori kompleks z RISC
  10. 20. prva beseda imena monomernega proteina, ki ima določeno strukturo, njegova dolžina se razlikuje za največ 10 ostankov, njegova masa pa za največ 2 kDa (zaokroženo na 1kDa) različno od monomera DSR2 (Bacillus subtilis). Izberi prvi zadetek.
Down
  1. 1. natrijev ____sulfat, uporaben pri PAGE
  2. 3. en izmed genov, ki kodira histonsko acetiltransferazo pri C. elegans (pri izbiri gena si pomagaj z drugimi gesli v križanki)
  3. 4. leto, ko je bila v PDB objavljena prva struktura določena z rentgensko difrakcijo.
  4. 5. restrikcijska endonukleaza, ki cepi oligonukleotide CTTGGAGAATTCTAGGTCA, AAGTCCGAATTCCCATAC ATAGCAGAATTCAATGCT (namig: poglej kaj imajo ta zaporedja skupnega, restriktaza ima v uniprot v opisu funkcije anotirano to prepoznavno mesto)
  5. 7. koda PDB za strukturo aspartatne proteinaze (aspartic proteinase) iz glive Rhizopus chinensis, ki ima najboljšo resolucijo
  6. 8. oblika proteina, brez vezanega koencima
  7. 9. kratica za neproteinogeno aminokislino, udeleženo v ciklu uree
  8. 10. substrat encima, ki razbija fruktozo-1,6-bisfosfat v dihidroksiacetonfosfat in gliceraldehid-3-fosfat (namig: pomagaj si z imenom encima)
  9. 12. predel zraven jedra, kjer je vezan gama-tubulin
  10. 13. največji človeški protein
  11. 16. protein C. elegans, ki je najbolj podoben proteinu usherinu iz malega modrega pingvina (little blue penguin)
  12. 19. koda PDB za SeMet modificiran protein bakterije Streptomyces coelicoflavus, ki je najbolj podoben epoksid hidrolazi 3 (epoxide hydrolase 3-like) severnega medveda (Ursus maritimus)